圣者密勒日巴在贡当(Gungthang)出生,父亲名密勒慧幢(Mila sherap Gyaltsen),母名娘杂白庄严(Nyangtsa Kargyen)。他有一个妹妹培塔帕总(Peta Paldron),圣者名字叫闻喜(Mila Thopaga),意思是他嗓子好,人们听到他的声音就心生欢喜。他幼年失父,财產被叔叔及婶婶掌管侵占,密勒和母亲被分配到田裡工作,他和妹妹也受到婶婶很大的折磨。
母亲内心气忿难平,便送密勒去学习黑法,希望将来能报仇雪恨。密勒跟随两位老师很快地学会了害人的黑法;他对家乡的村子施法,害死了三十七人,包括他叔叔的家人,并对村中农作物造成很大的伤害。施法之后,他却对自己的恶业感到非常懊悔,他开始想学正法来弥补过失。
密勒到察绒地区去追随红教荣敦拉嘎尊者(Rongton Lhaga),拉嘎尊者建议密勒去追随马尔巴大师。他三十七嵗时,去洛札(Lhodrak)寻找马尔巴。在他到之前,马尔巴在梦中见到本尊来灌顶,预言密勒日巴的来临。
密勒日巴追随马尔巴学习六年,马尔巴把密勒日巴视同僕人一般,叫他做一些非常艰困的劳力工作,建造一座九层宝塔。艰苦的磨难,消除了恶业后,马尔巴才给他胜乐金刚灌顶(abhisheka of Chakrasamvara)并授他法名喜金刚(Shepa Dorje)。传给他全部传承教法,及密续的精髓和大手印传承。马尔巴从印度大成就者那洛巴和梅纪巴学到所有的法。
追随上师马尔巴精进的学习十二年之后,密勒日巴得到金刚乘的完全的证悟,成為一位在一生中成就的典范。他被称為密勒日巴,密勒穿白袍的人。四十五岁时他开始去许多洞窟中闭关,例如在马齿白严中央城(White Rock Horse Tooth)等等,偶而也去各处弘法。